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住宅ローン控除は、会社員なら2年目以降は原則として勤務先の年末調整で受けられます。ただし、1年目の確定申告が済んでいることと、住宅ローン控除申告書などを会社の期限までに提出することが前提です。
この記事は、住宅ローン控除を1年目の確定申告で開始した給与所得者向けの一般的な案内です。複数の勤務先、転職、退職、連帯債務、借換え、繰上返済、増改築、住宅の売却・転居などがある場合は取扱いが変わることがあります。情報確認日：2026年8月14日。
結論：2年目は会社の年末調整で手続きできる
本人が確定申告
勤務先の年末調整だけでは住宅ローン控除を開始できません。住宅区分に応じた書類を添えて申告します。
勤務先へ書類提出
給与所得者は、年末調整の期限までに住宅ローン控除申告書などを勤務先へ提出できます。
確定申告で取り戻す
年末調整に出せなかった場合でも、要件を満たせば確定申告で住宅ローン控除を受けられます。
2年目の必要書類
- 給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書兼計算明細書
- 年末残高が確認できる控除証明書、年末残高等証明書または返済計画表など
- 勤務先が指定する年末調整関係書類
書類名や提出方法は、金融機関が「証明書方式」と「調書方式」のどちらに対応しているか、1年目の確定申告で書面交付と電子交付のどちらを選んだかによって変わります。
| 方式 | 年末残高の確認 | 主な受取・提出方法 |
|---|---|---|
| 証明書方式 | 金融機関等が年末残高等証明書を交付 | 税務署の控除申告書と金融機関の証明書を勤務先へ提出 |
| 調書方式 | 金融機関等が国税当局へ残高情報を提出 | 国税当局から交付される、年末残高情報が反映された控除証明書を利用 |
調書方式の注意：金融機関へ「住宅ローン控除の適用申請書」を提出している人が対象です。金融機関から紙の年末残高等証明書が届かなくても、直ちに未発行とは限りません。e-Taxの通知書等や返済計画表を確認します。
申告書はいつ届く？
国税庁の案内では、確定申告時に書面交付を選んだ場合、入居2年目の11月下旬頃（証明書方式は10月下旬頃）に、控除を受ける各年分の申告書がまとめて送付されます。電子交付を希望した場合は、毎年11月中旬頃（証明書方式は毎年10月頃）にe-Taxのメッセージボックスへ格納されます。
会社の提出期限が先に来ることもあるため、10月から11月になったら、郵便物だけでなくe-Taxの「通知書等一覧」も確認してください。
年末調整での提出手順
- 1年目の申告完了を確認：確定申告書の控えやe-Taxの受信通知を確認します。
- 会社の期限を確認：法定期限ではなく、勤務先が定めた年末調整の提出期限を確認します。
- 方式を確認：証明書方式か調書方式か、書面交付か電子交付かを整理します。
- 年末残高を確認：控除証明書、年末残高等証明書、返済計画表などの金額を確認します。
- 申告書を記入：勤務先情報、住宅・土地の取得対価、居住割合、年末残高、控除額などを記入します。
- 勤務先へ提出：会社指定の方法で提出し、控えまたは提出記録を保存します。
- 源泉徴収票で確認：年末調整後の源泉徴収票で住宅借入金等特別控除の記載を確認します。
申告書が届かない・なくした場合
電子交付を選んでいないか確認する
1年目の確定申告で電子交付を希望していると、書面は届きません。e-Taxソフト（WEB版）の「通知書等」から住宅借入金等特別控除証明書を確認します。
住所変更後の送付先を確認する
転居や住居表示変更があると、書面が旧住所へ送られる可能性があります。税務署へ登録状況と再交付方法を確認してください。
再交付を依頼する
紛失した場合は所轄税務署へ再交付手続きを確認します。会社の期限に間に合わないときは、勤務先へ状況を伝えたうえで、確定申告への切替えも検討します。
年末残高等証明書が届かない場合
調書方式に対応した金融機関へ適用申請書を提出している場合、金融機関から従来の年末残高等証明書が送られないことがあります。e-Taxへ提供された残高情報や、金融機関の返済計画表などを確認します。
証明書方式なのに届かない場合は、金融機関の登録住所、電子交付設定、発行時期を確認し、必要に応じて再発行を依頼します。複数の借入がある場合は、すべての借入について確認してください。
転職・退職した場合はどうする？
| 状況 | 基本的な対応 |
|---|---|
| 年末時点の勤務先で年末調整を受ける | 新しい勤務先の提出期限に合わせて住宅ローン控除関係書類を提出 |
| 年内に再就職していない | 年末調整を受けられないため、翌年に確定申告 |
| 前職の源泉徴収票が間に合わない | 勤務先へ相談し、年末調整できない場合は確定申告 |
| 副業などで確定申告が必要 | 年末調整の有無にかかわらず、確定申告へ給与・副業・控除をまとめて反映 |
年末調整に間に合わなかった場合
勤務先の処理に間に合わなかった、書類を出し忘れた、会社で住宅ローン控除を反映できなかった場合でも、要件を満たしていれば確定申告で控除を受けられます。給与の源泉徴収票、住宅ローン控除関係書類、還付口座などを準備し、国税庁の確定申告書等作成コーナーで手続きします。
住宅ローン控除による還付だけを受ける還付申告なら、原則として対象年の翌年1月1日から5年間提出できます。ただし、副業などで申告義務がある場合は通常の申告期限を基準にします。
借換え・繰上返済・転居の注意点
借換え
借換え後のローンが当初の住宅ローン返済のためで、返済期間などの要件を満たせば控除を継続できる場合があります。ただし、借換え費用を含むと年末残高の計算調整が必要になることがあります。
繰上返済
繰上返済によって返済期間が10年未満になると、その年以後に控除を受けられなくなる場合があります。返済前に金融機関や税務署へ確認してください。
転居・賃貸化
年末まで居住しなくなった場合は原則として対象外になります。転勤など一定の事情には例外がありますが、自己判断せず税務署へ確認します。
よくある間違い
1年目の確定申告前に2年目の書類だけ会社へ出す
住宅ローン控除は初年度の確定申告で開始します。初年度が未申告なら、まず確定申告の対応を確認してください。
紙が届かないので何もしない
電子交付や調書方式では、紙が届かないことがあります。e-Taxの通知書等と金融機関の案内を確認します。
住宅ローン控除申告書を毎年同じ年分で提出する
税務署から交付された各年分の申告書から、その年分を選んで提出します。年分を取り違えないようにします。
年末調整を逃したら控除を受けられない
年末調整に間に合わなくても、確定申告で適用を受けられる場合があります。必要書類を保管し、翌年の申告へ進みます。
公式情報
- 国税庁「給与所得者（従業員）の方へ」
- 国税庁「各種申告書・記載例」
- 国税庁「年末調整のしかた」
- 国税庁「調書方式による住宅借入金等特別控除」
- 国税庁「e-Taxからの情報取得について」
- 国税庁「住宅ローン控除に関するQ&A」
情報確認日：2026年8月14日。勤務先の提出期限や電子化対応は会社ごとに異なります。個別事情は勤務先、金融機関、所轄税務署または税理士へ確認してください。